中国针对跨境交易的法规复杂棘手且变化频繁，导致跨国公司在中国面临一系列严峻的税务挑战。外国公司在投资周期的各个阶段都会面对相应的税务难题。由于这些问题通常比较复杂，跨国企业需要聘请专业团队协助寻找最佳方案，妥善解决这些问题。跨国公司面临的一些典型中国税务问题如下：

受益所有权

中国已与近100个国家和地区签署所得税协定。根据中国国内税法，外国企业获得来源于中国的被动型收入通常需要缴纳10%的预提所得税。在特定条件下，税务协定允许作为协定国居民的外国企业享受更低的优惠预提税率。为了打击滥用税收协定行为，自2009年以来，仅当该外国企业满足受益所有权要求的情况下，中国税务机关才允许其根据相关税务协定享受优惠预提税率。为了获得受益所有人的身份，外国企业需要证明其在协定居民国从事实质性经营活动并对中国来源的被动收入拥有支配权。在实际操作上，受益所有权的标准比较含糊，判定是否构成受益所有权仍然有许多不清晰的地方。

常设机构

如果某外国企业为税收协定国居民，通常情况下，只有当该外国企业的在华商业活动形成协定中所称的常设机构，中国才对其归属于中国常设机构的营业利润拥有征税权。中国对“常设机构”一词的定义较为宽泛。构成在华常设机构的情形通常包括：外国企业在中国有固定经营场所、建筑工地、常驻外籍人员，或有权代替外国企业签署商业合同的非独立代理。近年来，中国税务机关加大了对外国企业在中国从事直接商业活动的监控力度，并在常设机构的判定上遵循实质重于形式的原则。在华从事经营活动的跨国公司必须保持警惕，避免不慎产生中国企业所得税应税义务，就来源于中国境外的商业利润向中国缴税。

间接转让

中国对于间接转让的税务规定独具特色。当跨国公司在中国境外间接转让持有中国子公司权益的外国控股公司股权，该跨国公司通常需要向中国地方主管税务机关对这项间接转让交易主动申报。如果地方税务机关认为外国控股公司的设置缺乏合理商业目的，就可能将这项间接转让交易重新定性为跨国公司直接转让中国子公司的交易，并针对交易的溢价部分征收10%的中国预提所得税。从2009年以来，中国税务机关频繁使用这项规定，对跨国公司间接转让进行征税。对于许多跨国公司来讲，如何说服中国税务机关从税务角度上认同境外的控股架构，是一个巨大的挑战。

重组

中国的税务重组条例规定，满足法定条件的重组交易取得的收益准予全额或部分地延期纳税。相比于中国境内的税务重组而言，跨国公司从事的跨境重组通常面临更加严格的限制。只有三类跨境交易有资格享受延期纳税待遇。此外，中国免税重组条例仅阐释了一般税收原则，大量具体操作问题未予解决。多数情况下，税务局以外的政府机关的参与也是完成重组交易的重要一环。但是由于缺乏官方指导，跨国公司通常在推动不同地区的各级政府机关的协作时遇到较大问题。因此如何成功完成跨境重组并确保重组各方享受中国企业所得税递延纳税待遇是跨国公司面临的一大障碍。

反避税

中国的一般反避税规则强调，税务筹划必须具有合理的商业目的。也就是说一项商业安排不得以减少、免除或者推迟缴纳中国企业所得税为主要目的。否则，税务机关可以从中国企业所得税的角度重新定性该项商业安排，并按照定性后的交易实质进行征税。中国的一般反避税规则定义尚不明确，没有详细解释什么是合理商业目的。由于一般反避税规则在解读上极具有灵活性，该规则已经成为中国税务机关解决逃税问题，尤其是国际税收领域的逃税行为的有力武器。该规则的广延性为在华跨国公司的跨境税务筹划带来了诸多不确定性。